8.1- Characterization & DNA amplification
8.1.1-PCR
8.1.1.1-General PCR Methods & Guidelines
...
5-Guidelines for Primer Design [Updated by vg93 27Oct2016]
...
8.1.1.1.4-Colony PCR Protocol.pdf
...
5.1-Primer Design Checklist [created by vg93 31Oct2016]
...
Ordering and Reconstitution SOP [updated 2020-06-01 ram524]
8.1.1.1.9-Ten Things That Can Kill Your PCR
...
Information Sheet [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.1.10-Submitting sequences to GenBank
...
SOP [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.1.11-Primer Database Search Protocol.pdf SOP [updated 2020-06-01 ram524]
...
sigB AT Assignment [MW]
...
1.17-pGEM Ladder for Size Determination of PCR Products SOP [updated by ser15 2020-05-18]
...
1.18-Gel Electrophoresis of PCR Product SOP [updated 2020-05-18 by ser15]
...
...
19-PCR Product Purification and Sanger Sequencing Submission SOP [updated 2020-05-18 by ser15]
...
1.20-Sanger Sequencing using BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit SOP [created 2021-01-14 by sjr267]
Sequencing Cost Comparison Supplemental File [created 2020-12-25 by sjr267]
8.1.1.2
...
-
...
Listeria PCR
...
8.1.1.2.
...
2-Listeria PCRs by Gene Name
...
...
actA PCR SOP [updated 2020-05-18 by ser15]
...
...
3-Hly a b gene PCR for Listeria monocytogenes SOP [updated 2020-05-18 by ser15]
...
...
4-inlA ORF and Gene Fragment PCR and Sequencing SOP [reviewed by mw16 07072016]
...
...
...
sigB PCR SOP [updated 2020-01-30 by js2568]
...
...
...
Degenerate sigB PCR SOP [updated 2020-09-05 by ser15]
...
...
16-PCRs For Quadruple sigma factor Mutant.pdf (Yichang and Veronica)
8.1.1
...
.3-Salmonella PCR
...
...
InvA colony PCR for Salmonella SOP [updated 2020-04-27 amb629]
...
...
7-PCR identification of common Salmonella serogroups SOP [reviewed by mw16 07072016]
...
...
8-PCR determination of H1 and H2-antigens for Salmonella SOP [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.
...
4-PCRs for Other Organisms
...
...
1-E. coli 6-gene multiplex PCR.pdf
...
...
...
rpoB PCR Protocol SOP [updated 2020-05-18 by ser15]
...
...
...
PCR Amplification of Full Length 16s rDNA SOP [updated 18Nov2016 by sjr267]
...
...
...
...
PCR Amplification of 16s rDNA Internal Region SOP [updated 2020-01-30 by js2568]
...
...
6-ITS PCR for Yeast and Mold SOP [updated 2020-06-26 by rle58]
8.1.2-Phenotypic Characterization
[see archive]
8.1.3-RFLP
[see archive]
8.1
...
8.1.1.2.2.9-Protocol for Sequencing actA gene region with best discrimination.pdf
8.1.1.2.2.10-Protocol for Sequencing inlA gene region with the best discrimination.pdf
8.1.1.2.2.11-Prs PCR Protocol for Listeria monocytogenes.pdf
8.1.1.2.2.12-PurM PCR Protocol for lineage II Listeria monocytogenes.pdf
8.1.1.2.2.13-PurM PCR Protocol for Listeria monocytogenes.pdf
8.1.1.2.2.14-RibC PCR Protocol for Listeria monocytogenes.pdf
8.1.1.2.2.16-PCRs For Quadruple sigma factor Mutant.pdf
8.1.1.3-Salmonella PCR
8.1.1.3.1-fimA PCR and DNA sequencing of Salmonella enterica for 3gene MLST.pdf
8.1.1.3.2-manB PCR and DNA sequencing of Salmonella enterica for 3gene MLST.pdf
8.1.1.3.3-mdh PCR and DNA sequencing of Salmonella enterica for 3gene MLST.pdf
8.1.1.3.4-7 Gene MLST for Salmonella.pdf
8.1.1.3.4.1-7 gene MLST for Salmonella- Primers and PCR.xls
8.1.1.3.4.2-Salmonella 7 gene MLST Template.xls
8.1.1.3.5-PCR detection of the presence or absence of antibiotic resistance genes in Salmonella.pdf
8.1.1.3.6-InvA colony PCR for Salm 4-13-10.pdf
8.1.1.3.7-PCR identification of common Salmonella serogroups.pdf
8.1.1.3.8-PCR determination of H1 and H2-antigens for Salmonella.pdf
8.1.1.4-PCRs for Other Organisms
8.1.1.4.1-E. coli 6-gene multiplex PCR.pdf
8.1.1.4.2-ipaH colony PCR for Shigella.pdf
8.1.1.4.3-SodA PCR Protocol for S. agalactiae.pdf
8.1.2-Phenotypic Characterization
8.1.2.1-Semi-Quantitative Hemolysis Assay for Listeria.pdf
8.1.3-RLFP
8.1.3.1-Polymerase Chain Reaction- Restriction Fragment Length Polymorphism.pdf
8.1.4-Southern Blot
8.1.4.1-Southern Blotting by Electrophoretic Transfer and non radioactive Detection.pdf
8.1.4.3-SouthernBlot Hybridization.pdf
8.2-DNA Labeling & Modification
8.2.1-3’ end labeling of oligonucleotides.pdf
8.2.2-Kinasing and DIG labeling of LCR primer.pdf
8.2.3-Poly-T tailing of oligonucleotides.pdf
8.2.4-Protocol for Fluorescein labeling of oligonucleotides carrying an aminolink.pdf
8.2.5-Protocol for Geneclean (USB).pdf
8.3-DNA preparation, Purification, & Quantification
8.3.1-Chelex DNA extraction from blood.pdf
8.3.2-Chelex DNA extraction from semen.pdf
8.3.3-Phenol Chloroform Listeria gDNA Extraction_1_28_2015.pdf
8.3.4-DNA Preparation from Listeria using Guanidinium Isothiocyanate.pdf
8.3.5-Listeria Lysis Methods and Procedures_11_26_13.pdf
8.3.6-PCR product purification using ExoSAP.pdf
...
.4-Southern Blot
[see archive]
8.3-DNA preparation, Purification, & Quantification
8.3.10-Quantification of Purified DNA by NanoDrop SOP [updated 2020-11-20 sh988]
8.3.13-Genomic_DNA_Extraction_Qiagen SOP [updated by ajh22 4/28/16]
8.3.14-HighThroughput_gDNA_Extraction_Qiagen_1_28_15.pdf
8.3.15-Take3_NucleicAcid_96_well_Quantification_01_20_15 Protocol [reviewed by mw16 07072016]
8.3.16-DNA Preparation for Whole Genome Sequencing SOP [updated 27Oct2016 by sh988]
8.3.16.1-Step-by-step checklist for Gram+ bacteria Supplemental file [effective 2Sept2016 ajh22]
8.3.16.2-Step-by-step checklist for Gram- bacteria Supplemental file [effective 13Sept2016 ajh22]
8.3.16.3-CDC MiSeq Nextera XT Library Preparation Reference [reviewed 07Oct2016 by jk2739]
8.3.16.4-Example Nextera Library Sample Preparation Spreadsheet Template [reviewed 07Oct2016 by jk2739]
8.3.18-Preparing Cell Lysates for PCR SOP [updated 2020-05-18 by ser15]
8.4-DNA Sequencing Analysis
Sanger Sequencing
8.4.1-Automated Sequence Editing SOP [updated 2019-10-11 by js2568]
8.4.5-Creating Consensus DNA Sequences using Sequencher SOP [created 2020-04-28 ag67]
8.4.6-rpoB Allelic Type (AT) Assignment SOP [updated 2020-04-28 ag67]
8.4.7-rpoB Database Management SOP [updated 2021-04-01 by ag67]
Whole Genome Sequencing
8.4.2-Quality Control and Assembly SOP [reviewed by jk2739 12/19/2016]
8.4.3-Short Read Submission (SRA) SOP [reviewed by jk2739 12/19/2016]
8.4.4-Assembly submission to NCBI SOP [reviewed by rho2 11/25/2016]
8.5-DNA Recombination & Mutagenesis
8.5.2-Cloning of DNA Fragments Protocol [reviewed 8Aug2016 mw16]
8.5.9-GUS promoter fusions in Listeria monocytogenes Protocol [reviewed 08Aug2016 mw16]
8.5.10-Integration of pPL2 derivatives into L. monocytogenes 10403S Protocol [reviewed 08Aug2016 mw16]
8.5.16-pMJG2 vector map.jpg Plasmid Map [reviewed 08Aug2016 mw16]
8.5.17-pMJG3 vector map.jpg Plasmid Map [reviewed 08Aug2016 mw16]
8.5.18-pMJG4 vector map.jpg Plasmid Map [reviewed 08Aug2016 mw16]
8.5.20-Whole Mutant-Soeing PCR for L. mono SOP [reviewed by bmb29 4/6/2016]
8.5.21-P22 Transduction of Salmonella Protocol [reviewed by ram524 28Jul2017]
8.5.22-Protocol for Lambda Red Recombinase in Salmonella SOP [updated by ram524 2020-06-01]
8.5.23-Gene Deletion Using I-SceI coupled with Lambda Red Recombination in Salmonella SOP [updated by cq87 2021-07-18]
8.6-Microarray
[see archive]
8.7-Protein Methods
8.7.1-Assay for beta-galactosidase activity of B. subtilis transformed with lacZ reporter plasmid Protocol [mw16 checked07072016]
8.7.2-Beta Galactosidase Assay_general Protocol [mw16 checked07072016]
8.7.3-His tagged sigma factor protein purification protocol Protocol [mw16 checked07072016]
8.8-RNA Prep & Analysis
8.8.11-RNA Extraction Using TriReagent SOP [updated by arc326 2020-05-18]
8.8.13-Sybr Green qRT-PCR Protocol [updated by arc326 2020-05-18]
8.8.14-RNA Extraction from Salmonella using Tri-Reagent SOP [updated by arc326 2020-05-18]
8.8.15-RNA extraction from Salmonella using RNeasy Kit SOP [updated 2020-06-01 by ram524]
Training Record
| 8.1.1.1.5-Guidelines for Primer Design | Trainer | Jordan Skeens (example) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Jordan Skeens (example) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 11/02/2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.5.1-Primer Design Checklist | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.7-Primer Ordering and Reconstitution | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.9-Ten Things That Can Kill Your PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.10-Submitting sequences to GenBank | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.11-Primer Database Search Protocol.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.17-pGEM Ladder for Size Determination of PCR Products | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.18-Gel Electrophoresis of PCR Product | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/20/21 |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.19-PCR Product Purification and Sanger Sequencing Submission | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/21/21 |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.1-actA PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.3-Hly a b gene PCR for Listeria monocytogenes | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.4-inlA ORF and Gene Fragment PCR and Sequencing | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.5-sigB PCR | Trainer | Alex B | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | Mikayla H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.16-PCRs For Quadruple sigma factor Mutant.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.6-InvA colony PCR for Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.7-PCR identification of common Salmonella serogroups | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.8-PCR determination of H1 and H2-antigens for Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.1-E. coli 6-gene multiplex PCR.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.4-rpoB PCR Protocol | Trainer | Rachel E | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/20/21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.5-PCR Amplification of Full Length 16s rDNA | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.5.1-PCR Amplification of 16s rDNA Internal Region | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.6-ITS PCR for Yeast and Mold | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.10-Quantification of Purified DNA by NanoDrop.pdf |
...
8.3.11-Single Stranded DNA preparation from M13.pdf
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.13-Genomic_DNA_ Extraction_Qiagen |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.14-HighThroughput_gDNA_ Extraction_Qiagen _1_28_15.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.15-Take3_NucleicAcid_ 96_well_Quantification _01_20_15 |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3. |
...
| 16-DNA |
...
| Preparation for Whole Genome Sequencing | Trainer | Sophia H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.1-Step-by-step checklist for Gram+ bacteria | Trainer | Sophia H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.2-Step-by-step checklist for Gram- bacteria | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.3-CDC MiSeq Nextera XT Library Preparation | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.4-Example Nextera Library Sample Preparation Spreadsheet | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.18-Preparing Cell Lysates for PCR | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | (heat lysis) 1/20/21 |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.1-Automated Sequence Editing | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.2-Quality Control and Assembly | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.3-Short Read Submission (SRA) | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.4-Assembly submission to NCBI | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.5-Creating Consensus DNA Sequences using Sequencher | Trainer | Alex B | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | Mikayla H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.6-rpoB Allelic Type (AT) Assignment | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.2-Cloning of DNA Fragments | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
8.4.1-Automated Sequence Editing SOP [reviewed by sjr267 03/23/2016]
8.5-DNA Recombination & Mutagenesis
8.5.1-Cloning of DNA Flanking Tn917-LTV3.pdf
8.5.2-Cloning of DNA Fragments.pdf
8.5.3-Cloning PCR products for Sequencing using pCR 2.1.pdf
8.5.4-Cloning Protocol for Transformation of E. coli DH5aF.pdf
8.5.5-Electroporation L mono.pdf
8.5.6-Electroporation of E coli.pdf
8.5.7-Electroporation of Mycobacterium paratuberculosis.pdf
...
| 8.5.9-GUS promoter fusions in Listeria monocytogenes |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.10-Integration of pPL2 derivatives into L. monocytogenes 10403S |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
...
8.5.11-Listeria Genomic Alterations.pdf
8.5.12-Overview-Making a mutant in Listeria monocytogenes.pdf
8.5.13-Part II-Making a mutant in Listeria monocytogenes.pdf
8.5.14-Part III-Making a mutant in Listeria monocytogenes.pdf
...
| 8.5.16-pMJG2 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.17-pMJG3 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.18-pMJG4 vector map.jpg |
...
| Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.20-Whole Mutant- |
...
| Soeing PCR for L. mono |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.21-P22 Transduction of Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.22-Protocol for Lambda Red Recombinase in Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
8.6-Microarray
[see archive below]
...
| 8.7.1-Assay for beta-galactosidase activity of B. subtilis transformed with lacZ reporter plasmid |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.2-Beta Galactosidase Assay |
...
| _general | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.3-His tagged sigma factor protein purification protocol |
...
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
...
8.8-RNA Prep & Analysis [to be reviewed by Veronica Guariglia]
8.8.1-Quiagen RNA Midi Prep with RQ1 DNAse treatment [reviewed by vg93]
...
| 8.8. |
...
| 11-RNA Extraction Using TriReagent | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
...
8.8.4-Preperation of Listeria RNA.pdf [ARCHIVE]
8.8.5-RNA extraction using Qiagen Midi Kit and Turbo DNAse Protocol [reviewed by vg93]
...
| 8.8. |
...
| 13-Sybr Green qRT-PCR | Trainer | Alexa Cohn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Rory Wang | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 11/19/21 |
...
| 8.8. |
...
| 14_RNAext Salmonella.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
...
8.8.9-Synthesis of large amounts of RNA.pdf [ARCHIVE]
8.8.10-Taqman- Quantitative Real-Time RT-PCR Protocol [Updated by vg93]
8.8.11-RNA Extraction Using TriReagent SOP [reviewed by vg93 4/21/2016]
8.8.12-QuantStudio real time PCR protocol [reviewed by vg93]
8.8.13-Sybr Green qRT-PCR [reviewed by vg93]