8.1- Characterization & DNA amplification
8.1.1-PCR
8.1.1.1-General PCR Methods & Guidelines
8.1.1.1.5-Guidelines for Primer Design [Updated by vg93 27Oct2016]
...
8.1.1.1.7-Primer Ordering and Reconstitution SOP [updated 20192020-0306-14 01 ram524]
8.1.1.1.9-Ten Things That Can Kill Your PCR Information Sheet [reviewed by mw16 07072016]
...
8.1.1.1.11-Primer Database Search Protocol.pdf SOP [updated 2Sept2016 nrs132020-06-01 ram524]
8.1.1.1.12-rpoB sigB AT Assignment [MW]
8.1.1.1.17-pGEM Ladder for Size Determination of PCR Products RecipeSOP [uploaded 17Jan2017 by sjr267updated by ser15 2020-05-18]
8.1.1.1.18-Gel Electrophoresis of PCR Product SOP [updated 20192020-10-11 by js256805-18 by ser15]
8.1.1.1.19-PCR Product Purification and Sanger Sequencing Submission SOP [updated 20192020-1005-11 18 by js2568ser15]
...
8.1.1.2.1-Ten Gene MLST for Listeria
8.1.1.2.1.1-10 gene MLST scheme.xls [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.1.2-addB PCR-GoTaq.xls [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.1.3-ldh PCR-GoTaq.xls [reviewed by mw16 07072016]
...
20-Sanger Sequencing using BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit SOP [created 2021-01-14 by sjr267]
Sequencing Cost Comparison Supplemental File [created 2020-12-25 by sjr267]
8.1.1.2
...
-
...
Listeria PCR
8.1.1.2
...
.2
...
-
...
8.1.1.2.1.8-pbpA PCR-J1-208 GoTaqhotstart.xls [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.1.9-polC PCR-GoTaq.xls [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.1.10-prs PCR-GoTaq.xls [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.1.11-rarA PCR-GoTaq.xls [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.2-Listeria PCRs by Gene Name
8.1.1.2.2.1-actA PCR SOP [updated 20192020-11-14 by js2568]8.1.1.2.2.2-Gap PCR protocol for Listeria monocytogenes PCR Protocol [reviewed by mw16 0707201605-18 by ser15]
8.1.1.2.2.3-Hly a b gene PCR for Listeria monocytogenes.2013 PCR Protocol SOP [reviewed by mw16 07072016updated 2020-05-18 by ser15]
8.1.1.2.2.4-inlA ORF and Gene Fragment PCR and Sequencing SOP [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.2.5-sigB PCR SOP [updated 20192020-1101-14 30 by js2568]
...
...
8.1.1.2.2.12-purM PCR Protocol for lineage II Listeria monocytogenes PCR Protocol [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.2.13-purM PCR Protocol for Listeria monocytogenes PCR Protocol [reviewed by mw16 07072016]
8.1.1.2.2.14-ribC PCR Protocol for Listeria monocytogenes PCR Protocol [reviewed by mw16 07072016Degenerate sigB PCR SOP [updated 2020-09-05 by ser15]
8.1.1.2.2.16-PCRs For Quadruple sigma factor Mutant.pdf (Yichang and Veronica)
8.1.1.3-Salmonella PCR
...
8.1.1.3.4.1-7 gene MLST for Salmonella- Primers and PCR.xls (check)
8.1.1.3.4.2-Salmonella 7 gene MLST Template.xls (check)
8.1.1.3.6-InvA colony PCR for Salmonella PCR Protocol SOP [updated 09Aug2016 ajh222020-04-27 amb629]
8.1.1.3.7-PCR identification of common Salmonella serogroups SOP [reviewed by mw16 07072016]
...
8.1.1.4.1-E. coli 6-gene multiplex PCR.pdf
8.1.1.4.2-ipaH colony PCR for Shigella.pdf8.1.1.4.3-SodA PCR Protocol for S. agalactiae.pdf8.1.1.4.4-rpoB PCR and Sequencing SOP Protocol SOP [updated 20192020-1005-11 18 by js2568ser15]
8.1.1.4.5-PCR Amplification of Full Length 16s rDNA SOP [updated 18Nov2016 by sjr267]
8.1.1.4.5.1-PCR Amplification of 16s rDNA Internal Region SOP [updated 20192020-1101-14 30 by js2568]
8.1.1.4.6-ITS PCR for Yeast and Mold SOP [updated 20192020-1106-14 26 by js2568rle58]
8.1.2-Phenotypic Characterization
...
[
...
[see archive below]
8.1.3-RFLP
[see archive below]
8.1.4-Southern Blot
[archive whole section]
8.2-DNA Labeling & Modification
...
see archive
...
]
8.3-DNA preparation, Purification, & Quantification
8.3.3-Phenol Chloroform Listeria gDNA Extraction_1_28_2015.pdf8.3.10-Quantification of Purified DNA by NanoDrop.pdf8.3.12-Small-scale phenol-chloroform extraction of chromosomal DNA from Listeria monocytogenes.pdf SOP [updated 2020-11-20 sh988]
8.3.13-Genomic_DNA_Extraction_Qiagen SOP [updated by ajh22 4/28/16]
...
8.3.18-Preparing Cell Lysates for PCR SOP [updated 20192020-1005-11 18 by js2568ser15]
8.4-DNA Sequencing Analysis
...
8.4.1-Automated Sequence Editing SOP [updated 2019-10-11 by js2568]
8.4.5-Creating Consensus DNA Sequences using Sequencher SOP [created 2020-04-28 ag67]
8.4.6-rpoB Allelic Type (AT) Assignment SOP [updated 2020-04-28 ag67]
8.4.7-rpoB Database Management SOP [updated 2021-04-01 by ag67]
Whole Genome Sequencing
8.4.2-Quality Control and Assembly SOP [reviewed by jk2739 12/19/2016]
...
8.5.22-Protocol for Lambda Red Recombinase in Salmonella Protocol SOP [reviewed by ram524 28Jul2017updated by ram524 2020-06-01]
8.5.23-Gene Deletion Using I-SceI coupled with Lambda Red Recombination in Salmonella SOP [updated by cq87 2021-07-18]
8.6-Microarray
[see archive below]
8.7-Protein Methods
8.7.1-Assay for beta-galactosidase activity of B. subtilis transformed with lacZ reporter plasmid Protocol [mw16 checked07072016]
...
8.8-RNA Prep & Analysis
8.8.1 Qiagen RNA Midi Prep with RQ1 DNAse treatment11-RNA Extraction Using TriReagent SOP [updated by arc326 2020-05-18]
8.8.13-Sybr Green qRT-PCR Protocol [updated by arc326 2020-05-18]
8.8.14-RNA Extraction from Salmonella using Tri-Reagent SOP [updated by arc326 2020-05-18 Protocol [reviewed by vg93 Spring 2016]
8.8.515-RNA extraction using Qiagen Midi Kit and Turbo DNAse RNA extraction, clean-up and storage using Turbo DNase for TaqMan.pdf Protocol [reviewed by vg93 Spring 2016]
8.8.10-Taqman- Quantitative Real-Time RT-PCR Protocol Protocol [Updated by vg93 Spring 2016]
8.8.11-RNA Extraction Using TriReagent SOP [reviewed by vg93 4/21/2016]
...
extraction from Salmonella using RNeasy Kit SOP [updated 2020-06-01 by ram524]
Training Record
| 8.1.1.1.5-Guidelines for Primer Design | Trainer | Jordan Skeens (example) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Jordan Skeens (example) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 11/02/2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.5.1-Primer Design Checklist | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.7-Primer Ordering and Reconstitution | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.9-Ten Things That Can Kill Your PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.10-Submitting sequences to GenBank | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.11-Primer Database Search Protocol.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.17-pGEM Ladder for Size Determination of PCR Products | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.18-Gel Electrophoresis of PCR Product | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/20/21 |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.19-PCR Product Purification and Sanger Sequencing Submission | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/21/21 |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.1-actA PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.3-Hly a b gene PCR for Listeria monocytogenes | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.4-inlA ORF and Gene Fragment PCR and Sequencing | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.5-sigB PCR | Trainer | Alex B | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | Mikayla H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.16-PCRs For Quadruple sigma factor Mutant.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.6-InvA colony PCR for Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.7-PCR identification of common Salmonella serogroups | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.8-PCR determination of H1 and H2-antigens for Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.1-E. coli 6-gene multiplex PCR.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.4-rpoB PCR Protocol | Trainer | Rachel E | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/20/21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.5-PCR Amplification of Full Length 16s rDNA | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.5.1-PCR Amplification of 16s rDNA Internal Region | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.6-ITS PCR for Yeast and Mold | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.10-Quantification of Purified DNA by NanoDrop.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.13-Genomic_DNA_ Extraction_Qiagen | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.14-HighThroughput_gDNA_ Extraction_Qiagen _1_28_15.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.15-Take3_NucleicAcid_ 96_well_Quantification _01_20_15 | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16-DNA Preparation for Whole Genome Sequencing | Trainer | Sophia H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.1-Step-by-step checklist for Gram+ bacteria | Trainer | Sophia H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.2-Step-by-step checklist for Gram- bacteria | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.3-CDC MiSeq Nextera XT Library Preparation | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.4-Example Nextera Library Sample Preparation Spreadsheet | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.18-Preparing Cell Lysates for PCR | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | (heat lysis) 1/20/21 |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.1-Automated Sequence Editing | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.2-Quality Control and Assembly | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.3-Short Read Submission (SRA) | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.4-Assembly submission to NCBI | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.5-Creating Consensus DNA Sequences using Sequencher | Trainer | Alex B | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | Mikayla H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.6-rpoB Allelic Type (AT) Assignment | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.2-Cloning of DNA Fragments | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.9-GUS promoter fusions in Listeria monocytogenes | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.10-Integration of pPL2 derivatives into L. monocytogenes 10403S | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.16-pMJG2 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.17-pMJG3 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.18-pMJG4 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.20-Whole Mutant-Soeing PCR for L. mono | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.21-P22 Transduction of Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.22-Protocol for Lambda Red Recombinase in Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.1-Assay for beta-galactosidase activity of B. subtilis transformed with lacZ reporter plasmid | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.2-Beta Galactosidase Assay_general | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.3-His tagged sigma factor protein purification protocol | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.8.11-RNA Extraction Using TriReagent | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.8.13-Sybr Green qRT-PCR |
...
| Trainer | Alexa Cohn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Rory Wang | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 11/19/21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.8.14_ |
...
| RNAext Salmonella.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |