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8.8.15-RNA extraction from Salmonella using RNeasy Kit SOP [updated 2020-06-01 by ram524]
Training Record
| 8.1.1.1.5-Guidelines for Primer Design | Trainer | Jordan Skeens (example) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Jordan Skeens (example) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 11/02/2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.5.1-Primer Design Checklist | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.7-Primer Ordering and Reconstitution | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.9-Ten Things That Can Kill Your PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.10-Submitting sequences to GenBank | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.11-Primer Database Search Protocol.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.17-pGEM Ladder for Size Determination of PCR Products | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.1.18-Gel Electrophoresis of PCR Product | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/20/21 |
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| 8.1.1.1.19-PCR Product Purification and Sanger Sequencing Submission | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/21/21 |
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| 8.1.1.2.2.1-actA PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.3-Hly a b gene PCR for Listeria monocytogenes | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.4-inlA ORF and Gene Fragment PCR and Sequencing | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.2.2.5-sigB PCR | Trainer | Alex B | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | Mikayla H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
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| 8.1.1.2.2.16-PCRs For Quadruple sigma factor Mutant.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.6-InvA colony PCR for Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.7-PCR identification of common Salmonella serogroups | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.3.8-PCR determination of H1 and H2-antigens for Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.1-E. coli 6-gene multiplex PCR.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.4-rpoB PCR Protocol | Trainer | Rachel E | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | 1/20/21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.5-PCR Amplification of Full Length 16s rDNA | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.5.1-PCR Amplification of 16s rDNA Internal Region | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.1.1.4.6-ITS PCR for Yeast and Mold | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.10-Quantification of Purified DNA by NanoDrop.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.13-Genomic_DNA_ Extraction_Qiagen | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.14-HighThroughput_gDNA_ Extraction_Qiagen _1_28_15.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.15-Take3_NucleicAcid_ 96_well_Quantification _01_20_15 | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16-DNA Preparation for Whole Genome Sequencing | Trainer | Sophia H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
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| 8.3.16.1-Step-by-step checklist for Gram+ bacteria | Trainer | Sophia H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
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| 8.3.16.2-Step-by-step checklist for Gram- bacteria | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.3-CDC MiSeq Nextera XT Library Preparation | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.16.4-Example Nextera Library Sample Preparation Spreadsheet | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.3.18-Preparing Cell Lysates for PCR | Trainer | Rachel E | Alex B | Sam B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Zoe | Sam B | Mikayla H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | (heat lysis) 1/20/21 |
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| 8.4.1-Automated Sequence Editing | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.2-Quality Control and Assembly | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.3-Short Read Submission (SRA) | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.4-Assembly submission to NCBI | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.4.5-Creating Consensus DNA Sequences using Sequencher | Trainer | Alex B | Sam B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | Sam B | Mikayla H | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date |
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| 8.4.6-rpoB Allelic Type (AT) Assignment | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.2-Cloning of DNA Fragments | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.9-GUS promoter fusions in Listeria monocytogenes | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.10-Integration of pPL2 derivatives into L. monocytogenes 10403S | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.16-pMJG2 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.17-pMJG3 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.18-pMJG4 vector map.jpg | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.20-Whole Mutant-Soeing PCR for L. mono | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.21-P22 Transduction of Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.5.22-Protocol for Lambda Red Recombinase in Salmonella | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.1-Assay for beta-galactosidase activity of B. subtilis transformed with lacZ reporter plasmid | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.2-Beta Galactosidase Assay_general | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.7.3-His tagged sigma factor protein purification protocol | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.8.11-RNA Extraction Using TriReagent | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.8.13-Sybr Green qRT-PCR | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8.8.14_RNAext Salmonella.pdf | Trainer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Training Date | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Trainee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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